Institut o’zida o’simliklarning botanik, kimyoviy, biologik, farmakologik, toksikologik, texnologik tadqiqot ishlarini hamda qishloq xo’jaligi va tibbiyot uchun dori vositalari hamda BFQ substansiyalarini tajriba - ishlab chiqarish korxonasi mujassamlangan yagona, kompleks holidagi ixtisoslashgan ITM.  Institut tarkibida 11 laboratoriya, organik sintez Bo’limi, vivariyga ega farmakologiya va toksikologiya Bo’limi, fiziologik faol birikmalar Bo’limi, marketing Bo’limi, Kutubxona, Mini-nashriyot, Sinov markaziga ega o’g’itlar, pestisidlar va o’simliklarni kimyoviy himoyasi Organi, Tajriba ishlab chiqarish korxonasi, “Tabiiy birikmalar kimyosi” xalqaro ilmiy jurnalining redaksiyasi.